Existence hypotéky zpravidla není překážkou prodeje bytu nebo domu. Nemovitost financovaná hypotečním úvěrem bývá zatížena zástavním právem ve prospěch banky, které zajišťuje její pohledávku vůči dlužníkovi. Pokud by úvěr nebyl řádně splácen, může se zástavní věřitel za zákonných podmínek uspokojit ze zástavy. Zástavní právo je evidováno v katastru nemovitostí a samotným převodem nemovitosti na nového vlastníka automaticky nezaniká. Při prodeji je proto třeba vyřešit nejen převod vlastnického práva, ale současně také vypořádání hypotečního úvěru a zánik zástavy.
Nejběžnějším řešením je splacení zbývající části hypotéky přímo z kupní ceny. Prodávající nejprve požádá svou banku o přesné vyčíslení dluhu ke konkrétnímu datu a o sdělení podmínek, za nichž banka umožní výmaz svého zástavního práva. Kupní smlouva a smlouva o úschově poté stanoví, že odpovídající část kupní ceny nebude vyplacena prodávajícímu, ale přímo jeho bance. Zbývající část kupní ceny je zpravidla složena do advokátní, notářské nebo bankovní úschovy a prodávajícímu se vyplatí až po splnění sjednaných podmínek. Přesný postup se může mezi jednotlivými bankami lišit, jeho základní princip je však v praxi standardní.
Po splacení zajištěného dluhu musí následovat výmaz zástavního práva z katastru nemovitostí. Banka k tomu vystaví příslušnou listinu potvrzující zánik zástavního práva, v praxi často označovanou jako kvitance. Samotné splacení hypotéky totiž ještě neznamená, že zápis zástavy z listu vlastnictví automaticky zmizí. Na základě listiny potvrzující zánik práva je třeba provést jeho výmaz vkladem v katastru nemovitostí. Český úřad zeměměřický a katastrální pro tento účel výslovně počítá s potvrzením o zániku zástavního práva jako s vkladovou listinou.
Situace bývá složitější, pokud kupující financuje koupi vlastní hypotékou. V takovém případě se zpravidla na omezenou dobu střetávají požadavky dvou bank. Banka prodávajícího požaduje splacení svého úvěru, zatímco banka kupujícího potřebuje získat dostatečně kvalitní zajištění pro nový úvěr. Je proto nutné sladit pořadí jednotlivých kroků, zejména zápis nového zástavního práva, čerpání úvěru kupujícího, splacení úvěru prodávajícího, vydání listiny k výmazu původní zástavy a následný převod či uvolnění kupní ceny. Právě zde má kvalitně připravená smluvní dokumentace zásadní význam.
Prodávající by proto měl svou banku kontaktovat ještě před podpisem kupní smlouvy. Je třeba znát nejen aktuální výši nesplaceného úvěru, ale také podmínky jeho předčasného splacení, požadavky banky na dokumentaci a přesné podmínky pro uvolnění zástavy. Alternativou může být v některých případech převzetí stávajícího úvěru kupujícím nebo nahrazení původní zástavy jinou nemovitostí, obojí však podléhá souhlasu banky. Správně strukturovaný prodej nemovitosti s hypotékou není nestandardní ani mimořádně rizikovou transakcí. Klíčové je, aby pohyb peněz, převod vlastnictví a výmaz zástavního práva byly vzájemně přesně provázány.